ondenon service criter en stat et imagerie

http://ondenon.univ-st-etienne.fr/journal.html#biologie

Pour y accèder de façon confortable, vous avez besoin d'un serveur X.
  Ce serveur X est installé:
      - soit sur un terminal X
      - soit sur votre ordinateur individuel

  MAC os X offre en standard ce serveur X.
  MS Window ne l'offre pas. Vous devez donc installer un serveur X
  Voir aussi les possibilités de xming (serveur X pous MS Window).
   http://sourceforge.net/projects/xming

CRITeR, le 20 juin 2008

————————

sur mac OSX

-mode non graphique

cliquer sur l’application terminal puis dans le menu nouvelle commande distante

puis choisissez connexion à distance (telnet)  puis ajouter dans la fenêtre serveur

ondenon.univ-st-etienne.fr

Vous serez en mode non graphique via connexion en ligne de commande  telnet.

-mode graphique

le but est d’utiliser le serveur graphique X11 pour lancer des applications sous un serveur unix  et les afficher sur son mac.

Lancer le serveur graphique X11 sur le mac (chercher dans applications puis utilitaire). Le serveur X lancera un terminal dans lequel j’autorise les connexions sur le serveur X du mac. ondenon = adresse IP 161.3.1.41

sous X11 tapez:

xhost +161.3.1.41

ca donne : 161.3.1.41 being added to access control list

puis tapez

ssh mottin@161.3.1.41

Debian GNU/Linux 3.1 %h

Université Jean Monnet – CRITeR
——————————-
accès réservé aux personnes autorisées

Password:

puis tapez votre pass

Vous pouvez utiliser les programmes de la machine ondenon…

pour quitter une application : exit

puis la connection: logout

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Listes des logiciels intéressants en phys-med-biologie:

matlab (sommaire)

  matlab Version 7.1.0.183 (R14) Service Pack 3      le 24 fév 2006
  matlab Version 7.0.1.24704 (R14) Service Pack 1    le 17 jan 2005
  matlab Version 7.0.0.19901 (R14)                   le 15 sep 2004

 MATLAB                                      Version 7.1        (R14SP3)
 Curve Fitting Toolbox                       Version 1.1.4      (R14SP3)
 Extended Symbolic Math                      Version 3.1.3      (R14SP3)
 Financial Toolbox                           Version 2.5        (R14SP3)
 MATLAB Compiler                             Version 4.3        (R14SP3)
 Optimization Toolbox                        Version 3.0.3      (R14SP3)
 Partial Differential Equation Toolbox       Version 1.0.7      (R14SP3)
 Spline Toolbox                              Version 3.2.2      (R14SP3)
 Statistics Toolbox                          Version 5.1        (R14SP3)
 Symbolic Math Toolbox                       Version 3.1.3      (R14SP3)

 Pour lancer MATLAB

  matlab
   ou
  matlab -nojvm
  matlab -nodesktop

    pour ne pas utiliser l'interface graphique. Cette option permet
    d'afficher en X, les graphiques
      quit    pour quitter matlab
      demos   pour lancer les démonstration
      helpwin pour ouvrir le help
      desktop pour lancer l'interface graphique

 Pour exécuter un script MATLAB, fichiers .m, au prompt MATLAB, tapez le nom
 du fichier sans le suffixe. Par exemple, j'ai le fichier g.m, sous MATLAB,
 je taperai g

 Pour imprimer, il faut utiliser la commande print de MATLAB en précisant
 -Pvotre_imprimante comme première option.

 Voir aussi les commandes mbuild, mcc,  mex (Attention! confusion possible
 avec la commande mex de TeX)

 mcc:         Invoke MATLAB Compiler
 mex:         Compile MEX-function from C or Fortran source code
 mbuild :     Compile and link source files into a stand-alone executable or
              shared library

 Si vous souhaitez utiliser d'autres outils (toolbox), prenez contact avec
 le CRITeR

 Des programmes M-files sont disponibles à
      http://www.mathworks.com/ftp/tmwcontsoft.shtml

      http://www.mathworks.com/index.shtml

      http://www.mathtools.net/

      http://www.che.wisc.edu/octave/

        (octave est un produit GNU compatible MATLAB)

 Voir aussi news:comp.soft-sys.matlab

            le fichier  file:///usr/local/matlab/help/getstart.pdf

            issu du site  http://www.mathworks.com/

            à partir du helpbrowser de matlab

R (sommaire)

  R version 1.5.1					25 Oct 2004

  Documentation:
  	/usr/lib/R/doc/manual/R-FAQ.pdf
	/usr/lib/R/doc/manual/R-intro.pdf
	/usr/lib/R/doc/manual/refman.pdf

  R is `GNU S' - A language and environment for statistical computing and
  graphics. R is similar to the award-winning S system, which was developed
  at Bell Laboratories by John Chambers et al. It provides a wide variety of
  statistical and graphical techniques (linear and nonlinear modelling,
  statistical tests, time series analysis, classification, clustering, ...).

  R is designed as a true computer language with control-flow constructions
  for iteration and alternation, and it allows users to add additional
  functionality by defining new functions. For computationally intensive
  tasks, C, C++ and Fortran code can be linked and called at run time.

  S is the statistician's Matlab and R is to S what Octave is to Matlab.

  Voir aussi  http://cran.r-project.org/

– Quelques commandes

    q()          pour quitter
    help()       pour afficher de l'aide
    help.start() pour lancer le navigateur et afficher la documentation
                 Choississez la rubrique "Packages"

– ade4

  module R installé le 7 set 2007
  source:  http://pbil.univ-lyon1.fr/ADE-4/

 ade4 est un logiciel développé au laboratoire de Biométrie et Biologie
 Évolutive (UMR 5558) de l'Université Lyon 1. Il contient des fonctions
 d'Analyse de Données destinée d'abord à la manipulation des données
 Écologiques et Environnementales avec des procédures Exploratoires
 d'essence Euclidienne, d'où la dénomination ade4.

source:  http://www.spatial-econometrics.com/

Econometrics Toolbox Version 6                         20 dec 2004

  MATLAB econometrics functions for:

 * least-squares, simultaneous systems (2SLS,3SLS, SUR)
 * limited dependent variable (logit, probit, tobit) and Bayesian variants
 * time-series (VAR, BVAR, ECM) estimation and accompanying forecasting functions
 * ridge, Theil-goldberger, switching regimes, robust regression
 * regression diagnostics, e.g. Belsley, Kuh Welsch, Cook-Weisberg
 * cointegration testing
 * statistical distributions (CDF, PDF and random deviate generation)
 * Bayesian Gibbs sampling estimation and MCMC convergence diagnostics
 * maximum likelihood and Bayesian spatial econometrics functions
 * lots of other stuff, over 350 functions

MRIcro (sommaire)

MRIcro version 1.39, build 4 installé le 9 mars 2006 MRIcro allows Windows and Linux computers view medical images. startmricro &


FMRISTAT (sommaire)

fmristat installé le 9 mars 2006 A general statistical analysis for fMRI data C’est une boîte à outils pour MATLAB. Il faut ajouter addpath /usr/local/matlab_toolbox/fmristat Voir http://www.math.mcgill.ca/keith/fmristat/


AFNI-SUMA (sommaire)

The AFNI Surface Mapper installé le 14 avril 2006 AFNI is a set of C programs for processing, analyzing, and displaying functional MRI (FMRI) data – a technique for mapping human brain activity. SUMA is a program that adds cortical surface based functional imaging analysis to the AFNI suite of programs. It allows viewing 3D cortical surface models, and mapping volumetric data onto them. With SUMA, AFNI can simultaneously and in real-time render Functional Imaging data in 4 modes: Slice, Graph (time series), Volume and Surface with direct links between them. Pour utiliser, il faut redéfinir la variable PATH PATH= »/usr/local/afni/linux_gcc32:$PATH » export PATH suma

Open_Office (sommaire)

Open Office version 2.4.0 en français le 25 avr 2008 Open Office version 2.3.1 en français le 12 dec 2007 Open Office version 2.2.0 en français le 3 avril 2007 Open Office version 2.0.3 en français le 8 oct 2006 Open Office version 2.0.2 en français le 19 avril 2006 Open Office version 1.1.4 en français le 17 Mars 2005 Open Office version 1.1.2 en français le 8 juillet 2004 Seule la version la plus récente est accessible. Open Office se lance en tapant soffice & ou directement à travers le menu « Start » ou les menus DEBIAN Le premier lancement de Open Office vous propose de vous enregistrer: vous pouvez choisir « je ne veux pas m’enregistrer ». soffice -h donne les différents paramètres utilisables

WebDAV (sommaire)

L’accès à vos données sur le serveur WebDav de l’université peut se faire, notamment par cadaver, OpenOffice, sitecopy ou xsitecopy http://dossier.univ-st-etienne.fr/ »votre_login »/prive
pointe vers une zone privée protégée par login et mot de passe. Cette zone est accessible du monde entier. http://dossier.univ-st-etienne.fr/ »votre_login »/public
pointe vers une zone public accessible du monde entier. Vous pouvez donc y déposer des documents. Ce n’est pas un site web.

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